La cooperación es un intercambio entre iguales, que pretende fomentar el desarrollo y lograr la erradicación de la pobreza. Cada uno desde su compromiso, profesionales, cooperantes, hermanos, voluntarios y benefactores hacen posible que se puedan llevar a cabo múltiples programas de acción en los ámbitos más desfavorecidos y mantener proyectos asistenciales en los países más empobrecidos.
La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios está presente en más de 52 países de los 5 continentes donde en más de 300 Centros se atiende a 20 millones de personas cada año.
También dispone de un programa de hermanamientos entre centros de la Orden. Así centros de la Orden en España se hermanan directamente con un centro de países en desarrollo e intercambia profesionales, tecnología y recursos para conseguir el máximo nivel de salud posible.